Nació en el pueblo de Beqakafra, a 140km. del Líbano, capital libanesa, el 8 de mayo, de 1828. Era el quinto hijo de Antun Makhlouf y Brigitte Chidiac, una piadosa familia campesina. Fue bautizado a los ocho días en la Iglesia de Ntra. Señora en su pueblo natal, recibiendo por nombre Yusef (José). A los tres años el padre de Yusef fue inscrito en el ejército turco en la guerra contra los egipcios y muere cuando regresaba a casa. Su madre cuida de la familia siendo gran ejemplo de virtud y fe. Pasado un tiempo, ella se casa de nuevo con un hombre devoto quien eventualmente será ordenado sacerdote (en el rito maronita , hombres casados son elegibles al sacerdocio).
"Si conocieras el don de Dios, y quién es el que te dice: "Dame de beber", tú le habrías pedido a él, y él te habría dado agua viva." Juan 4,10